我省现有水上交通管理机构是按照省、市、县、基层四级分别设置的。全省17个市均设有地方海事局（港航管理局），一个机构二块牌子。在蚌埠设立了安徽省港航管理局淮河航道局，主要是做好航道的养护建设、航标设置维护和清航打捞等工作。根据船舶检验工作的实际需要，分别在芜湖、蚌埠、合肥设立了皖江、淮河、江淮船舶检验局（船员管理中心）。为加强水运市场管理，纠正船舶、船员违章行为，维护水上交通安全，经省政府批准，在马鞍山设置了船舶证照检查站（水上交通安全检查站）。同时，在蚌埠设有一所省航运技工学校，负责全系统干部职工的培训工作。